Description

Les activités humaines affectent l’environnement d’une manière sans précédent, avec des effets négatifs démontrés tant sur la biodiversité que sur le fonctionnement des écosystèmes. Cependant, une compréhension mécanistique du lien entre biodiversité et fonction— nécessaire pour prédire la manière dont les écosystèmes s’adapteront à des conditions environnementales fluctuantes — demeure difficile à atteindre, en raison de la forte redondance fonctionnelle caractéristique des microbiomes, ainsi que de notre manque de connaissances sur la régulation microbienne dans un contexte environnemental complexe.
Ce projet vise à mieux comprendre le lien causal entre la structure et l’activité des microbiomes environnementaux dans un contexte de changements globaux (climatiques, pollution). Plus précisément, le doctorant utilisera des échantillons de bryophytes modèle, facile à manipuler, en conditions naturelles et dans le cadre d’expériences de perturbation, afin d’étudier le couplage entre les modifications des dépôts atmosphériques (métaux, composés azotés) dues à la proximité d’activités humaines (routes, terres agricoles, zones urbaines) et des activités microbiennes biogéochimiques clés du cycle de l’azote (N). Nous nous intéressons en particulier à la production et à la consommation de protoxyde d’azote (N₂O), un puissant gaz à effet de serre, ainsi qu’à la fixation biologique de l’azote, qui permet la fertilisation naturelle des écosystèmes en azote et qui est connue pour contraindre la production primaire dans une large fraction des écosystèmes terrestres.
En adoptant une approche multi-échelle afin d’intégrer l’hétérogénéité spatiale aux niveaux intra-site, inter-sites, types d’écosystèmes et biomes, ainsi que la proximité des activités humaines, cette recherche renseignera sur la réponse et la résilience des microbiomes et de leurs activités face aux impacts humains.

Compétences requises

Le ou la candidat·e idéal·e sera titulaire d’un master (M.Sc.) ou équivalent en sciences de l’environnement ou dans un domaine connexe, et manifestera un fort intérêt — ou une volonté affirmée de se former — à l’écologie microbienne et à la biogéochimie, envisagées de manière intégrée. Le projet requiert des connaissances préalables sur les techniques de génomique et l’analyse bio-informatique, ainsi qu’une connaissance d’un langage de statistiques (R ou Python). Une expérience pratique en extraction d’acides nucléiques et/ou en analyses statistiques multivariées constituera un atout. La maîtrise de la lecture et de l’écriture en anglais est indispensable, de même que de solides compétences organisationnelles et de communication.

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Mots clés

Biogéochimie, cycle de l’azote, symbiose cyanobacterienne, microbiologie environnementale