Description

La chicorée industrielle (Cichorium intybus var. sativum) est reconnue comme un aliment fonctionnel, dont les effets bénéfiques sur la santé animale et humaine sont attribués à diverses classes de molécules bioactives. Sa composition chimique varie selon le génotype, les conditions de culture et l’écosystème microbien associé. Par ailleurs, les changements climatiques, via des stress abiotiques et biotiques accrus, ainsi que les pratiques agricoles, peuvent fortement affecter la croissance et la résilience de cette plante. Des travaux antérieurs menés dans notre laboratoire ont mis en évidence l’association de la chicorée avec un microbiote spécifique (core microbiota) présentant des propriétés favorables à la nutrition minérale, à la tolérance aux stress et à la résistance aux pathogènes. L’objectif général de ce projet est de quantifier et caractériser, sur les plans génomique et fonctionnel, ces microorganismes bénéfiques afin d’évaluer leur potentiel comme agents de biocontrôle, biofertilisants et biostimulants.
Le projet de thèse s’articule autour de trois objectifs spécifiques. Le premier vise à créer un consortium microbien synthétique (SynCom) de la chicorée, basé sur l’identification précise de souches isolées des différents compartiments de la plante et leur caractérisation génomique par séquençage, annotation et analyses comparatives avec les bases de données publiques, afin d’identifier les gènes associés à des fonctions d’intérêt.
Le second objectif consiste à caractériser le potentiel fonctionnel des microorganismes sélectionnés par des approches microbiologiques in vitro, en évaluant leurs capacités à promouvoir la croissance végétale, améliorer la tolérance aux stress abiotiques et biotiques et exercer une activité antagoniste vis-à-vis des pathogènes.
Enfin, le troisième objectif porte sur l’évaluation du potentiel agronomique des souches sélectionnées, seules ou en SynCom, en conditions contrôlées et au champ. Les effets de biocontrôle, de biostimulation et de biofertilisation seront analysés à travers des paramètres agro-physiologiques, biochimiques et transcriptomiques, ainsi que l’impact sur le microbiote du sol par des approches métagénomiques et méta-transcriptomiques.
Le matériel végétal nécessaire au projet sera fourni par l’entreprise Florimond Desprez, partenaire de l’Université de Lille au sein de l’équipe mixte Chic41H.

Compétences requises

Le projet de thèse s’adresse à un(e) candidat(e) titulaire d’un Master (ou équivalent) en biologie végétale, agronomie, microbiologie, biotechnologies ou disciplines connexes. Des connaissances en physiologie végétale et/ou en microbiologie des sols constitueront un atout. Le/la candidat(e) devra démontrer un intérêt marqué pour la recherche expérimentale et le travail en conditions contrôlées et au champ. Des compétences ou une première expérience en techniques de laboratoire (microbiologie, biologie moléculaire, analyses physiologiques ou biochimiques) seront appréciées, de même qu’une sensibilité aux approches « omiques » (transcriptomique, métagénomique, métabolomique) et à l’analyse de données. Au-delà des compétences techniques, le/la candidat(e) devra faire preuve de rigueur scientifique, d’autonomie, de capacité d’organisation et d’un bon esprit d’analyse et de synthèse. Une aptitude au travail en équipe, dans un contexte pluridisciplinaire et partenarial, ainsi qu’un bon niveau d’anglais scientifique (écrit et oral) sont attendus.

Bibliographie

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Mots clés

Chicorée, Microbiote