Description

Les interactions hôte–microbiote reposent sur des échanges étroits entre les organismes hôtes et les micro-organismes qui leur sont associés. Ces interactions impliquent non seulement des relations entre microbes, mais aussi des communications directes avec l’hôte, influençant des processus biologiques essentiels chez les deux partenaires. Elles peuvent être étudiées grâce à des outils biomoléculaires modernes, bien que les mécanismes moléculaires et cellulaires impliqués restent encore mal connus pour la majorité des modèles biologiques. Les relations hôte–microbiote englobent des interactions mutualistes, comme les symbioses, et antagonistes, comme le parasitisme, impliquant des microorganismes procaryotes ou eucaryotes. Elles jouent un rôle fondamental dans le fonctionnement des écosystèmes et le maintien de la biodiversité. L’établissement et le maintien de ces associations reposent en grande partie sur des mécanismes de communication cellulaire mobilisant des signaux biochimiques, des récepteurs et des réponses immunitaires de l’hôte. Les peptides et protéines constituent des médiateurs centraux de ces interactions, agissant comme signaux moléculaires, effecteurs et régulateurs du système immunitaire. Parmi eux, les peptides antimicrobiens (AMP) occupent une place majeure. Ils interviennent classiquement dans l’élimination des agents infectieux, mais jouent également un rôle clé dans le contrôle et le maintien des populations symbiotiques. Dans plusieurs modèles biologiques, notamment chez les plantes et les insectes, des peptides spécifiques régulent la différenciation, la croissance et l’activité métabolique des symbiotes afin de maximiser le bénéfice pour l’hôte. Chez les mollusques marins, en revanche, les recherches se sont principalement focalisées sur les AMP en contexte infectieux, et le rôle des peptides dans la gestion des symbioses reste encore peu documenté. Les données protéomiques et peptidomiques disponibles sont fragmentaires et très dépendantes des modèles étudiés. Des travaux récents ont permis de développer de nouveaux modèles symbiotiques et parasitaires chez les mollusques, notamment chez les Lucinidae et certaines palourdes, ouvrant la voie à des approches intégratives combinant génomique, transcriptomique et protéomique. Toutefois, l’absence de données peptidomiques limite encore la compréhension fine de ces interactions. Ce projet de thèse vise à identifier et caractériser les populations de peptides impliquées dans des interactions symbiotiques et parasitaires chez quatre espèces de mollusques marins. Il s’appuiera sur des approches in silico pour prédire des peptides potentiels, sur le séquençage des peptidomes par LC-MS/MS, sur l’analyse de l’expression des gènes codants et sur l’immunolocalisation tissulaire. Des études menées sur des populations naturelles et en conditions expérimentales contrôlées permettront d’analyser la dynamique spatio-temporelle des peptides lors de l’acquisition des symbiotes ou du développement des infections parasitaires. Les résultats attendus incluent l’établissement de catalogues exhaustifs de peptides, l’identification de nouvelles familles et une meilleure compréhension intégrative des mécanismes moléculaires gouvernant les interactions hôte–microorganismes.

Compétences requises

Compétences au laboratoire (expérimentation et travail de biologie moléculaire Compétences en analyse de profils peptidiques Intérêt pour le développement d'outils informatique (analyse in silico) Qualités rédactionnelles Curiosité scientifique

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Mots clés

peptide, mollusque, symbiose, parasitisme