Description

De nombreuses bactéries ont développé la capacité de produire des capsules de polysaccharides qui imitent les glycanes de l'hôte, les protégeant ainsi du système immunitaire et agissant comme des matrices dans la formation de biofilms responsables de la majorité des infections bactériennes, en particulier en milieu hospitalier. Les bactéries sont de plus capables de développer des fibres protéiques flexibles appelées pili qui jouent un rôle dans l'adhérence, la motilité et la formation des biofilms. L’objectif du projet de thèse est de caractériser les conditions physico-chimiques permettant le développement des biofilms bactériens.
Il existe en effet un besoin en outils de biologie chimique permettant la détection des nano-environnements favorables à la formation de ces biofilms. Combinée à l'ingénierie métabolique des glycanes, la chimie bioorthogonale est utilisée pour marquer certains glycanes constitutifs des parois cellulaires bactériennes (par exemple, les lipopolysaccharides, les peptidoglycanes, les glycolipides) avec des sondes luminescentes. Les marqueurs luminescents choisis seront des molécules fluorescentes dont les propriétés photophysiques (spectres et temps de vie) sont sensibles au nano-environnement des capsules bactériennes, en particulier la viscosité du milieu, la polarité, le pH. Les bactéries ainsi marquées pourront alors être imagées en microscopie de fluorescence confocale et les propriétés physico-chimiques locales seront élucidées en imagerie de fluorescence en temps de vie (FLIM). De plus, le développement des pili sera caractérisé par microscopies de super-résolution (STED, PALM-STORM) et par FLIM-FRET (Förster Resonance Energy Transfer). Ces résultats permettront de corréler les paramètres physico-chimiques du milieu bactérien à la formation des biofilms.

Compétences requises

Nous recherchons un(e) candidat(e) très motivé(e), titulaire d'un master de chimie, et dont l’intérêt se porte sur la compréhension des propriétés photophysiques de sondes fluorescentes en milieu biologique par l’utilisation de diverses méthodes spectroscopiques et microscopiques. Une expérience de l'utilisation de ces méthodes et du traitement des données collectées sera un vrai atout. Un goût pour la synthèse organique et la préparation des échantillons biologiques est nécessaire. Dans le cadre de ce projet, il/elle sera amené(e) à côtoyer, échanger et travailler avec des chimistes, des physico-chimistes et des biologistes et doit donc être ouvert(e) à la recherche interdisciplinaire. De bonnes compétences de communication en anglais (écrit et oral) sont requises.

Bibliographie

Click-ready Iridium(III) complexes as versatile bioimaging probes for bioorthogonal metabolic labeling, V. Rigolot, C. Simon, A. Bouchet, L. Lancel, V. Di Battista, D. Karpov, B. Vauzeilles, C. Spriet, M. Sliwa, S. Bohic, C. Biot, C. Lion, RSC Chem. Biol. 2025, 6, 364-375

Mots clés

Microscopie de fluorescence, FLIM, Bio-imagerie, Chimie bio-orthogonale, Biofilms bactériens