Description

Notre groupe produit des données concernant le cerveau: métabolomiques, histologiques, anatomiques et fonctionnelles (stimulation électrique peropératoire) dont la fusion permettrait une meilleure cartographie multi-modale. La localisation spatiale de ces stimulations est établie visuellement sur la base de photographie de la cavité opératoire. Afin d’améliorer cette méthode subjective et peu reproductible, nous proposons d’adapter la méthode FIBRASCAN, qui permet une reconstruction anatomique de dissection de spécimens d’encéphales (post-mortem) avec des acquisitions itératives de surface (scanner laser + photo). Plusieurs méthodes alternatives d'acquisition seront évaluées, puis la reconstruction surfacique sera réalisée lors de chirurgies éveillées par la ou les méthodes validée(s). Enfin, un atlas multi-sujets et multimodal sera développé, incluant l’ensemble de ces données: métabolomiques, histologiques, anatomiques et fonctionnelles et qui sera incrémentable et diffusé à la communauté.

 

Co-direction :

Frédéric Andersson, iBraiN Inserm U1253 / Univ Tours (frederic.andersson@univ-tours.fr)

Igor Lima Maldonado, iBraiN Inserm U1253 / Univ Tours (maldonado@univ-tours.fr)

Co-encadrement:

Barthélémy Serres, Iliad3 UAR METIS / Univ Tours (barthelemy.serres@univ-tours.fr)

 

Le groupe de recherche dans lequel se déroulera la thèse collabore avec plusieurs laboratoires internationaux majeurs du domaine et participe régulièrement aux congrés/workshop internationaux de neuroimagerie.
Les données de l'atlas seront diffusées auprès de la communauté via la plateforme européenne ebrains.
Collaborations envisagées durant le travail de thèse:
- UAR METIS / CETU ILIAD3 - Université de Tours
- Laboratoire d'Informatique Fondamentale et Appliquée de Tours (LIFAT) - EA 6300 / ERL CNRS 7002 / Université de Tours
- Unité BAOBAB / NeuroSpin - Université Paris-Saclay/CNRS/CEA

Compétences requises

Imagerie médicale / Neuroimagerie Programmation (python) Anatomie cérébrale Recalage images 3D

Bibliographie

Sarubbo S, De Benedictis A, Merler S, Mandonnet E, Balbi S, Granieri E, & Duffau H. (2015). Towards a functional atlas of human white matter. Human brain mapping, 36(8), 3117–3136. https://doi.org/10.1002/hbm.22832 Zemmoura I, Serres B, Andersson F, Barantin L, Tauber C, Filipiak I, Cottier JP, Venturini G, & Destrieux C (2014). FIBRASCAN: a novel method for 3D white matter tract reconstruction in MR space from cadaveric dissection. NeuroImage, 103, 106–118. https://doi.org/10.1016/j.neuroimage.2014.09.016 Serres B, Zemmoura I, Andersson F, Tauber C, Destrieux C, Venturini G (2013). Brain virtual dissection and white matter 3D visualization. Studies in Health Technology and Informatics, 184, 392 396. Morichon A, Dannhoff G, Barantin L, Destrieux C, & Maldonado I L (2024). Doing more with less: Realistic stereoscopic three- dimensional anatomical modeling from smartphone photogrammetry. Anatomical sciences education, 17(4), 864–877. https://doi.org/10.1002/ase.2402

Mots clés

fusion de données imagerie cérébrale atlas stimulation cérébrale anatomie