CF202649460
Analyse des données d'imagerie oculaire visant à améliorer l'algorithme de diagnostic étiologique de l'uvéite
J-37
Doctorat Doctorat complet
Disciplines
Intelligence Artificielle, Bioinformatique
Laboratoire
DECISION, INFORMATION POUR LES SYSTEMES DE PRODUCTION
Institution d'accueil
INSTITUT NATIONAL DES SCIENCES APPLIQUEES DE LYON
Autre institution
UNIVERSITE LUMIERE- LYON 2
Ecole doctorale
École Doctorale en informatique et mathématiques de Lyon - ED 512

Description

Uveitis is an inflammatory condition of the uveal tract that represents a leading cause of preventable blindness worldwide. Establishing the correct etiology is notoriously challenging: more than 40% of uveitis cases remain idiopathic even after full workup, and misdiagnosis leads to delayed treatment with irreversible visual loss. Accurate etiological classification is therefore a critical, unmet clinical need.
Within this context, the PREUVEE project is developing a comprehensive AI-driven platform to enhance both etiological diagnosis and prognostic prediction of uveitis. The platform integrates machine learning, deep learning, image processing, and natural language processing to analyze heterogeneous patient data, including electronic health records, laboratory results, and multi-modal ophthalmic imaging. A core component of this platform is an etiological diagnostic algorithm that currently leverages structured clinical data and expert-interpreted ocular imaging insights. While early results are promising, the algorithm's performance is constrained by its limited exploitation of the rich, high-dimensional information encoded in raw ophthalmic images.
Ocular imaging modalities, principally fundus photography, fluorescein angiography (FA), and optical coherence tomography (OCT), capture structural and pathological details that are pivotal in diagnosing uveitis and identifying its underlying causes. Retinal vasculitis patterns, choroidal infiltrates, macular edema, and disc changes are among the many image-level biomarkers that carry strong etiological signals. Unlocking these signals through advanced AI techniques constitutes the central objective of this PhD project.

This PhD project pursues three interconnected scientific objectives:

  • Extract and standardize fundus, angiographic, and OCT images in DICOM format from the hospital information system, establishing a high-quality, curated imaging dataset for model training and evaluation.
  • Develop an innovative semi-supervised image feature extraction pipeline that reduces dependency on costly manual annotations while maximizing the diagnostic information harvested from both labelled and unlabeled data.
  • Integrate the extracted image-derived features into the multimodal diagnostic algorithm and quantitatively assess the improvement in etiological classification performance relative to the clinical-data-only baseline.
The full description of the PhD research project and the application details are availabe via this link

 

Compétences requises

Le candidat idéal est titulaire d'un master (ou équivalent) dans une ou plusieurs des disciplines suivantes : informatique, génie biomédical, mathématiques appliquées ou tout autre domaine quantitatif connexe. Les compétences suivantes sont recherchées : - De solides bases en apprentissage automatique et en apprentissage profond (réseaux convolutifs (CNN), mécanismes d’attention, méthodes d’ensemble, traitement d’images). - Une maîtrise de Python et des bibliothèques pertinentes (PyTorch ou TensorFlow, scikit-learn, OpenCV, SimpleITK/pydicom pour le traitement des fichiers DICOM). - Une expérience ou un intérêt marqué pour l’analyse d’images médicales. - Une connaissance de l’apprentissage semi-supervisé ou auto-supervisé est un atout. - Capacité à mener une collaboration interdisciplinaire avec des partenaires cliniques. - Compétences en rédaction scientifique et capacité à communiquer les résultats à des publics tant techniques que cliniques.

Mots clés

Données d'imagerie oculaire, algorithme de diagnostic étiologique, uvéite

Offre financée

Type de financement
ANR
Montant du financement
1950 € Net / mois

Dates

Date limite de candidature 01/10/26

Durée36 mois

Date de démarrage01/10/26

Date de création29/07/26

Langues

Niveau de français requisC1 (autonome)

Niveau d'anglais requisC1 (autonome)

Possibilité de faire sa thèse en anglais

Divers

Frais de scolarité annuels0 € / an

Site web

Contacts

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