Paléoprotéomique pour la reconstitution de la santé individuelle et populationnelle du passé à nos jours.
J-68
Doctorat Doctorat complet
- Disciplines
- Laboratoire
- Laboratoire Anthropologie Archéologie Biologie
- Institution d'accueil
- Université Paris-Saclay GS Santé publique
- Ecole doctorale
- SANTÉ PUBLIQUE - ED 570
Description
La protéomique consiste en l'étude des protéines et de leurs fonctions au sein des systèmes biologiques. Les protéines peuvent survivre dans les restes anciens sans se dégrader. Elle fournit des informations sur les maladies, l'alimentation et l'état physiologique des individus du passé. L'ADN ancien se dégrade plus rapidement que les protéines, ce qui fait de ces dernières des biomarqueurs plus stables pour l'étude des restes anciens. L'étude de la santé passée par la paléoprotéomique peut apporter des éclairages précieux sur l'évolution des maladies, les réponses immunitaires et les adaptations biologiques au fil du temps. Comprendre les schémas pathologiques et les états de santé anciens peut aider les chercheurs à mieux interpréter l'origine, la progression et la persistance de certaines maladies modernes. Les protéines étant plus stables et ayant une durée de vie plus longue, la protéomique est particulièrement utile pour l'étude de la santé passée. Les protéines peuvent être extraites de divers matériaux biologiques tels que les os, les dents et les tissus mous conservés, fournissant ainsi des informations précieuses sur les individus et les populations du passé. Malgré son application croissante en recherche archéologique, les études se sont principalement concentrées sur l'identification et la caractérisation des protéines anciennes plutôt que sur leur application directe à la reconstitution de l'état de santé. Les recherches sur les interactions hôte-pathogène restent limitées, de même que l'exploration insuffisante des protéines liées à l'immunité. L'intégration des analyses biomoléculaires à la paléopathologie contribue à une meilleure compréhension de l'écologie des maladies anciennes, des interactions hôte-pathogène et de la dynamique de santé des populations.L'analyse protéomique du tartre dentaire s'est révélée un outil précieux pour reconstituer les habitudes alimentaires anciennes, notamment les données de consommation des populations passées. Le tartre dentaire ancien constitue une archive biomoléculaire précieuse, préservant des informations sur l'alimentation, le microbiome et les maladies des populations anciennes.
Des études récentes ont démontré le potentiel de la paléoprotéomique pour comprendre la santé et l'état biologique des populations anciennes. Cependant, plusieurs limitations persistent : la dégradation des protéines due à des facteurs environnementaux affecte la qualité des données et la contamination par des facteurs modernes pose des problèmes d'authenticité. Des recherches ont démontré que le tartre dentaire préserve des protéines associées au microbiote buccal et aux maladies parodontales, offrant ainsi de précieuses informations sur l'état de santé des populations anciennes. La littérature existante souligne l'importance croissante de la recherche interdisciplinaire en paléoprotéomique pour la reconstitution de la santé, de l'écologie des maladies et des tendances évolutives en matière de santé dans le passé.
Objectifs :
Analyser les marqueurs protéiques liés à la santé dans les populations humaines anciennes.
Examiner les données protéomiques relatives aux protéines communes aux populations passées et actuelles.
Évaluer la contribution de ces financements à la compréhension des enjeux de santé actuels.
Étudier l'application de la paléoprotéomique en recherche bioarchéologique.
Évaluer la préservation biomoléculaire dans les restes humains anciens.
Explorer le potentiel du tartre dentaire comme source d'informations sur les protéines anciennes.
Intégrer les approches théoriques et pratiques en recherche paléoprotéomique.
Compétences requises
Master 2 en archéologie/anthropologie Connaissances en bioinformatiqueBibliographie
1. Barbieri, R., Mekni, R., Levasseur, A., Chabrière, E., Signoli, M., Tzortzis, S., ... & Drancourt, M. (2017). Paleoproteomics of the Dental Pulp: The plague paradigm. PLoS One, 12(7), e0180552.2. Hama, H. O., Chenal, T., Pible, O., Miotello, G., Armengaud, J., & Drancourt, M. (2023). An ancient coronavirus from individuals in France, circa 16th century. International Journal of Infectious Diseases, 131, 7-12.
3. Charlier, P., Lentignac, L., & Armengaud, J. (2025). An oral microbiome from 1929: Paleoproteomic study of a toothbrush belonging to Georges Clemenceau (1841-1929). Journal of stomatology, oral and maxillofacial surgery, 127(3), 102691.
4. Engels, I., Burnett, A., Robert, P., Pironneau, C., Abrams, G., Bouwmeester, R., ... & Dhaenens, M. (2025). Classification of collagens via peptide ambiguation, in a paleoproteomic LC-MS/MS-based taxonomic pipeline. Journal of proteome research, 24(4), 1907-1925.
5. Chocholova, E., Roudnicky, P., Potesil, D., Fialova, D., Krystofova, K., Drozdova, E., & Zdrahal, Z. (2023). Extraction Protocol for Parallel Analysis of Proteins and DNA from Ancient Teeth and Dental Calculus. Journal of Proteome Research, 22(10), 3311-3319.
6. Shaw, B., Burrell, C. L., Green, D., Navarro-Martinez, A., Scott, D., Daroszewska, A., ... & Layfield, R. (2019). Molecular insights into an ancient form of Pagets disease of bone. Proceedings of the National Academy of Sciences, 116(21), 10463-10472.
7. Krause-Kyora, B., Susat, J., Key, F. M., Kühnert, D., Bosse, E., Immel, A., ... & Krause, J. (2018). Neolithic and medieval virus genomes reveal complex evolution of hepatitis B. Elife, 7, e36666.
8. Froment, C., Hourset, M., Sáenz-Oyhéréguy, N., Mouton-Barbosa, E., Willmann, C., Zanolli, C., ... & Mollereau, C. (2020). Analysis of 5000 year-old human teeth using optimized large-scale and targeted proteomics approaches for detection of sex-specific peptides. Journal of proteomics, 211, 103548.
9. Schmidt-Schultz, T. H., & Schultz, M. (2015). AG 85, a major secretion protein of Mycobacterium tuberculosis, can be identified in ancient bone. Tuberculosis, 95, S87-S92.
10. Pecnik, J., Ventresca Miller, A. R., Panse, C., Kunz, L., Dittmann, A., Johnson, J. A., ... & Wilkin, S. (2026). Paleo-proteomic analysis of Iron Age dental calculus provides direct evidence of Scythian reliance on ruminant dairy. PLoS One, 21(1), e0339464.
11. de-Dios, T., Bonucci, B., Barbieri, R., Kushniarevich, A., DAtanasio, E., Dittmar, J., ... & Scheib, C. L. (2025). Bone adhered sediments as a source of target and environmental DNA and proteins. Molecular Biology and Evolution, 42(9), msaf202.
12. Charlier, P., & Armengaud, J. (2025, May). Cranio-facial trauma diagnosis using paleo-proteotyping of a blood sample from Robespierre (1794). In Annales Pharmaceutiques Françaises (Vol. 83, No. 3, pp. 445-448). Elsevier Masson.
13. Charlier, P., & Armengaud, J. (2025, May). Cranio-facial trauma diagnosis using paleo-proteotyping of a blood sample from Robespierre (1794). In Annales Pharmaceutiques Françaises (Vol. 83, No. 3, pp. 445-448). Elsevier Masson.
14. Tenchov, R., & Zhou, Q. A. (2025). Molecular Paleontology Meets Drug Discovery: The Case for De-extinct Antimicrobials. ACS omega, 10(37), 42175-42187.
15. Morton-Hayward, A., Flannery, S., Vendrell, I., & Fischer, R. (2025). Deep palaeoproteomic profiling of archaeological human brains. Plos one, 20(5), e0324246.
16. Bahmad, H. F., Ghssein, G., Bahmad, M., Elajami, T. K., Forghani, I., Tuda, C., & Ruiz-Cordero, R. (2026). Paleopathology Meets Public Health: Deep-Time Syndemics and the Ecology of Emerging Infections. Pathogens, 15(5), 543.
17. Pecnik, J., Ventresca Miller, A. R., Panse, C., Kunz, L., Dittmann, A., Johnson, J. A., ... & Wilkin, S. (2026). Paleo-proteomic analysis of Iron Age dental calculus provides direct evidence of Scythian reliance on ruminant dairy. PLoS One, 21(1), e0339464.
18. Riccomi, G., Rosselli, L., Marchesi, M., Guidi, F., Taloni, M., Ricci, G., ... & Wilkin, S. (2025). Palaeoproteomic characterization of archaeological dental calculus reveals precarious periodontal health in pre-Roman Italy (7th4th century BCE). Journal of Proteomics, 105503.
19. Neves, D., Cristiani, E., Carvalho, A. F., & Silva, A. M. (2026). Unlocking the past: Dental calculus as key to understanding ancient health and disease through a One Health framework. International Journal of Paleopathology, 53, 116-123.
20. Charlier, P. (2026). The One Health concept must be applied to ancient populations in general and to the paleopathology of infectious diseases in particular. In Annales Pharmaceutiques Françaises.
Mots clés
Paléopathologie, Médecine évolutiveOffre boursier / non financée
Ouvert à tous les pays
Dates
Date limite de candidature 01/11/26
Durée36 mois
Date de démarrage01/10/26
Date de création11/06/26
Langues
Niveau de français requisAucun
Niveau d'anglais requisB2 (intermédiaire)
Divers
Frais de scolarité annuels400 € / an
Contacts
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